Brassins et expériencesTentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3787

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Cede
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Cede »

Aza- a écrit :En partant de ce constat là, et en sachant que l'Homme a toujours pratiqué la sélection variétale, il me semblait intéressant d'essayer de guider cette dérive génétique pour créer de nouvelles souches aux caractéristiques pré-déterminées.
C'est sur ce point que je pense que l'on est très limités sans connaissances approfondies et matériel. Je ne pense pas que tu puisses pré-déterminer les caractéristiques d'une souche.
En sélectionner une qui te convient au bout de n manipulations et de l'isoler sur gélose, oui plus probable.

Je vois ça un peu comme pour les graines. Tu sélectionnes celles d'un fruit ou légume que tu as aimé, et tu vas les replanter en espérant que la génétique a bien suivi.
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Penn-Maen »

je mets mon grain d'orge, car je ne suis ni biologiste ni calé en liquide, mais :

- 5 générations, ça me parait très court pour observer une dérive génétique : on considère souvent qu'une souche peut être recultivée de 5 à 10 fois sans trop perdre ses caractères marquants.
- sur ce délai, on obtiendra AMHA plus une séparation des "colonies" : pour faire une culture "pure", il faut partir de plusieurs colonies cultivées sur gélose. On utilise justement plusieurs clones pour éviter le problème "trop / pas assez floculant".

Cependant, la culture dans un milieu très dense (donc avec une pression sélective plus importante) peut aboutir à quelque chose d'intéressant :)

Hâte de voir le résultat en tout cas.
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Aza- »

Cede a écrit :Je ne pense pas que tu puisses pré-déterminer les caractéristiques d'une souche.
En sélectionner une qui te convient au bout de n manipulations et de l'isoler sur gélose, oui plus probable.
Au final, c'est ce que je fais en sélectionnant que le floculat ou que le surnageant. Mais oui, je suis d'accord pour dire que sans matériel poussé, la sélection est dure et repose en grande partie sur le hasard.
Cede a écrit :Je vois ça un peu comme pour les graines. Tu sélectionnes celles d'un fruit ou légume que tu as aimé, et tu vas les replanter en espérant que la génétique a bien suivi.
Oui, c'est la partie sélection.
On peut aussi faire le parallèle avec l’acclimatation de plantes à des latitudes auxquelles elles ne poussaient pas. Pour ensuite ne garder que celles qui poussent, c'est la partie "pression sélective".

[mode naïf]
Sur la partie : tu vas avoir du mal à prédéterminer les caractéristiques que tu vas obtenir, je pense que c'est plus facile que ce qu'il n'y parait.
En y réfléchissant plus avant, j'ai imaginé d'autres leviers pour d'autres caractéristiques. J'essaierai de faire un résumé plus tard.
Ce qui me fait dire que c'est facile, c'est qu'on l'a fait sans outil pendant des dizaines de milliers d'années.
Le gros avantage de la levure, c'est qu'on créée des milliards d'individus d'un coup. C'est donc beaucoup plus rapide qu'une plante qui va se reproduire une fois par an.
Le gros inconvénient de la levure, c'est que c'est tout petit et que c'est pas si simple de trier le bon grain de l'ivraie.
[/mode naïf]
Penn-Maen a écrit :- 5 générations, ça me parait très court pour observer une dérive génétique : on considère souvent qu'une souche peut être recultivée de 5 à 10 fois sans trop perdre ses caractères marquants.
Oui, sauf qu'on met tout en oeuvre pour qu'elle mute le moins possible :
  • On évite de la stresser
  • On essaye de tout récupérer
Si je suis sûr d'un truc, c'est qu'avec déjà 3 générations (entre E3S et E3F) la différence de floculation était sans conteste.
Je vais éditer ce post ensuite pour mettre une photo de mes échantillons.
Penn-Maen a écrit :- sur ce délai, on obtiendra AMHA plus une séparation des "colonies" : pour faire une culture "pure", il faut partir de plusieurs colonies cultivées sur gélose. On utilise justement plusieurs clones pour éviter le problème "trop / pas assez floculant".
Je suis pas sûr d'avoir compris cette partie.


EDIT : voilà les photos. Pour info : ces tubes ont été créés en même temps, mis au frigo en même temps. Je les ai juste posés à plat pour la photo sans les brusquer. On voit bien les courbes de décantation très différentes.

Image

Image
Dernière modification par Aza- le 22 janv. 2019 16:49, modifié 1 fois.
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par lezius »

Penn-Maen a écrit :- 5 générations, ça me parait très court pour observer une dérive génétique : on considère souvent qu'une souche peut être recultivée de 5 à 10 fois sans trop perdre ses caractères marquants.
Après il me semble qu'Aza parlait de plusieurs génération par culture, multiplier par le nombre de cultures de l'expérience, ce qui fait quleques générations quand même.
De plus la pression sélective est ici volontairement plus importante que dans une culture classique qui vise justement à garder la levure le plus possible dans sont état d'origine.

Je ne sais pas ce que ça va donner mais je pense que cela devrait déjà permettre quelques observations.

-- edit grilled by Aza- --
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Penn-Maen »

Je suis pas sûr d'avoir compris cette partie.
C'est vrai que je n'étais pas clair.

Donc, en gros :
- on fait une culture sur gélose pour ensemencer un moût
- si on ensemence avec juste une colonie, on a du matériel génétique "unique" (d'un seul clone)
- dans Yeast, il est conseillé de prélever plusieurs (4 à 5 ?) colonies : la souche reste pure, mais les clones pouvant avoir des caractéristiques subtilement différentes, on s'assure de retrouver un truc homogène.
- Si on ne prend qu'une seule colonie, il se peut très bien que celle-ci soit plus ou moins floculente que l'originale, ou très légèrement plus ou moins atténuante, etc. De re-culture en re-culture, on peut se retrouver avec un truc éloigné de la génération mère. Je crois que les Anglais qui faisaient du bottom cropping se sont ainsi retrouvés avec une levure très floculente : elle sédimentait tellement rapidement qu'il fallait la remettre en suspension pour qu'elle finisse le job.

Alors j'ai un peu peur qu'on se retrouve à ne sélectionner qu'un seul caractère : le niveau de floculation (et aussi un peu l'atténuation, les deux étant un peu lié)

@Lezius : oui, mais quand même. Je ne sais plus où j'ai lu qu'une cellule ne se divisait 4 à 5 fois. Au delà, elle perdait en efficacité (c'est aussi une des explications à nos pitch-ratios). Quand je dis "5 générations", je ré-emploie le vocable utilisé par certains brassams qui ont des banques. Génération 0 = souche pure. Génération 1 = récup sur un premier brassin ... génération 5 = levure qu'on a déjà récupéré 5 fois, de brassins en brassins. D'ailleurs Aza- utilise les mêmes termes. C'est effectivement un abus de langage :)

PS : n'oubliez pas de relire ma signature (vérif, toussa... :mrgreen:)
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Aza- »

Penn-Maen a écrit :Si on ne prend qu'une seule colonie, il se peut très bien que celle-ci soit plus ou moins floculente que l'originale, ou très légèrement plus ou moins atténuante, etc.
C'est en effet le gros problème de la sélection sur gélose. On ne sait absolument pas que qu'on a privilégié.
Et en effet, je te rejoins, le seul critère sur lequel on peut influer par la sélection, c'est la floculence (et dans une moindre mesure l'atténuation).

Du coup, j'ai réfléchi à d'autres moyens (verbaliser tout ça et en débattre permet de faire émerger de nouvelles idées).

[table=border:1px solid #cccccc;][tr=][td=border:1px solid #cccccc;]Critère[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Méthode[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Description[/td][/tr]
[tr=][td=border:1px solid #cccccc;]Floculence[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Sélection[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Ne récupérer que le floculat / surnageant[/td][/tr]
[tr=][td=border:1px solid #cccccc;]Atténuation[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Sélection / pression sélective[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Utilisation d'un moût très (peu) fermentescible + sélection du surnageant / floculat[/td][/tr]
[tr=][td=border:1px solid #cccccc;]Tolérance à l'alcool[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Pression sélective[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Culture dans un moût très dense.[/td][/tr]
[tr=][td=border:1px solid #cccccc;]Température de fermentation[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Pression sélective[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Conduire la culture à une température extrême[/td][/tr]
[tr=][td=border:1px solid #cccccc;]Profil aromatique[/td][td=border:1px solid #cccccc;]???[/td][td=border:1px solid #cccccc;]Partir d'une souche m_re typée et vérifié que le profil est conservé (?)[/td][/tr][/table]
Penn-Maen a écrit :D'ailleurs Aza- utilise les mêmes termes. C'est effectivement un abus de langage
C'est possible que je me sois loupé, mais j'essaye de parler autant que possible de culture pour une itération dans un moût et de génération pour la reproduction des cellules.

Pour revenir sur le tableau, le gros soucis de la méthode "pression sélective" seule, c'est que ça va en effet demander beaucoup plus de générations pour se fixer (et donc plus de cultures) car on n'applique pas de sélection.
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Penn-Maen »

Tolérance à l'alcool Pression sélective Culture dans un moût très dense.
ou culture dans un moût déjà additionné d'alcool ? :think:
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Aza- »

Oui, j'y pensais aussi.
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Cede »

Aza-, je viens de me rendre compte qu'il te manque la récupération des levures sur krausen !!!!!
Il faut que tu recommences :)
Nan je plaisante.

Bon, par contre, demande au WAF de t'offir un microscope d'occase et tu pourrais te faire ça: https://openpcr.org/ pour séquencer :)
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Re: Tentative de sélection variétale sur une souche Wyeast 3

Message par Aza- »

"tout existe en open source" épisode 1337 :o
Sans rire ça me fait halluciner qu'on vive dans une époque où tu peux faire du séquençage ADN chez toi pour $500.