Instruments de mesure ⇒ Comptage des levures avec ... une webcam.

[goulven]

Salut Jaaf, alors un problème déjà: lors d'un comptage avec une cellule, il faut la remplir puis attendre un petit délai (environ une minute) pour que toutes les levures tombent sur la grille de comptage et soit dans la profondeur de champ de l'objectif. Donc je ne vois pas comment tu pourrais mettre ta cellule à l'envers sur le scanner…

[Loic06]

Je ne sais pas trop ce qu'il faut attendre du mode interpolé. Sans ce mode nous serions à environ 20 points par petit carré.

A mon avis le mode interpolé ne servira a rien.
Grosso modo, il prend des points plus espacés, en remplissant les trous avec un dégradé entre le couleurs de chaque point.
Ça permet de faire des agrandissements plus propres, mais ça ne fera pas apparaitre les levures dans ces trous !

[Areyoureal]

Bonjour à tous

Concernant le comptage des levures, je me demandais la chose suivante:

Pensez-vous possible de prendre une image d'une cellule de Mallassez avec nos petits champignons (colorés avec du bleu de méthylène pour la viabilité), via un smartphone dans un monoculaire (je crois qu'il doit même exister des microscopes pas trop cher muni d'appareil photo intégré).

Ensuite balancer ça dans un ordinateur ou un smartphone équipe une intelligence artificielle du style chat gpt v4 ou similaire et compter ça de manière automatique?

Ça permettrait peut être de gagner en fiabilité et surtout en rapidité.

Qu'en pensez-vous?

Salutations!

[Zepimousse]

Hello,

Dans ce post, il y a un lien GitHub pour un projet de comptage automatique. C'était "avant" la découverte par le grand public de l'IA
Dans le topic, les photos étaient faites avec un smartphone à travers l'optique du microscope.

[Nezahualcoyotl]

A toutes et tous,

Des macro sous ImageJ font cela très bien .

Nezahualcoyotl

[Nezahualcoyotl]

A toutes et tous,

Des macro sous ImageJ font cela très bien .

En fait , en y réfléchissant un peu plus, je ne suis pas certain de l'intérêt :
Parce que , durant un comptage, il vous vaudra plusieurs champs , donc plusieurs photos ...

Mais si certains sont sur la brèche , voici ce que j'ai retrouvé d'une formation :
ATELIER IMAGEJ
ImageJ-P.Guillaume 7
5. NUMERATION DE LEVURES ( TEST DE VIABILITE AU BLEU DE
METHYLENE) PAR UTILISATION DU PLUGIN CELL COUNTER
 Fermer ImageJ si ce dernier est ouvert.
 Télécharger le plugin Cell Counter
 Copier le plugin dans le dossier « Analyse » du répertoire « plugins » du logiciel ImageJ présent
dans « Program Files » (C:\Program Files).
 Lancer ImageJ
 Ouvrir le fichier « viabilitelevures.jpg» : File>Open
 Ourir le plugin Cell Counter présent dans le menu Plugins.
 Cliquer sur l’onglet « Initialize » pour rendre l’image accessible au comptage.
 Sélectionner comme type 1 les cellules viables non colorées comme premier type cellulaire à
compter puis cliquer sur chaque cellule correspondante de l’image : toutes les cellules s’affichent
avec le numéro 1 sur l’image.
 Sélectionner comme type 2 les cellules mortes bleues comme second type cellulaire à compter
puis cliquer sur chaque cellule de l’image correspondante : toutes les cellules s’affichent avec le
numéro 2 sur l’image
 Cliquer sur Result pour obtenir les résultats sous forme de tableau.

Nezahualcoyotl

[Penn-Maen]

au cas où, site officiel ImageJ (que cite Neza, et indispensable aux plugins fourni dans le lien de Zepimousse)

[Hush]

Bonjour,

Mais si certains sont sur la brèche , voici ce que j'ai retrouvé d'une formation :
ATELIER IMAGEJ
.
;
;

 Cliquer sur Result pour obtenir les résultats sous forme de tableau.

J'ai utilisé une photo faite avec un smartphone en position afocale au dessus d'un vieux microscope monoculaire. Ce sont des levures teintées au bleu de méthylène sur une lame (pas une cellule de comptage). Il y a des vivantes, il y a des mortes. En suivant les indications données par Neza, il est assez simple d'obtenir le résultat ci dessous.
On clique manuellement sur chacun des types de cellule et un compteur incrémente, on peut ensuite obtenir un tableau de résultat. Il n'y a ni détection automatique, ni intelligence artificielle... Heu ni intelligence tout court

Pour la détection automatique de cellules c'est un peu plus compliqué :
https://www.youtube.com/watch?v=D1qBaFwuF4E

Hush

[Nezahualcoyotl]

Très joli!!

Tu obtiens un ratio : Cell. vivante / Cell. totale, ce qui est une bonne indication.
Mais pas d'estimation de concentration parce que ta surface de "lecture" dépendra de l'ouverture de ton oculaire et de ton objectif, cela sera donc variable d'un microscope à un autre. Alors que le volume est fixe pour une cellule de comptage donnée.

Nezahualcoyotl